在中华上下五千年的历史长河中，因政治需要、战乱逃难、经济谋生、改朝换代、避讳改姓、复姓改单姓等原因有无数次大规模的人口迁移。对于中国人口分布状况的形成有着巨大影响，它在客观上大大促进了中国多民族的融合和经济文化的交流的同时，也改变着姓氏的分布。

樊姓的迁徙分布主要有：
南宋建炎元年（1127年），康王南渡，南宋建立，金兵南下，汉族人大都逃亡江南各地。世居任城一带的樊姓人也大都南逃。散居苏杭、嘉兴、长山各地。
元朝统治江北的几十年间，因与南宋连年征战，无暇顾及黄河堤防。尤其元末，黄河多次决口，漫灌四省六郡四十二县。因元军驻守长江北岸，南逃无望，只得往无战事的山西逃生。只几十年，黄河泥沙就把梁山水泊八百里几乎淹没。

到明洪武二年，开始长达五十余年的山西大迁民。大都被迁到苏、鲁、豫、冀四省的黄泛区。此时樊姓人有部分从山西迁返。
明初，燕王又与建文帝征战在黄淮一带二十余年，族人避战乱外逃甚多。有的从戎征战，后屯边驻守，故丰、沛、单、曹亦有屯边记载。
清初顺治元年五月（公元1644年），鱼台明末进士樊毓敦反清复明，聚众三万，号称樊家军，隐于任北先贤父林，择机伏歼清军固山额真巴哈纳部精锐。后兵败，株连州属各县族人，惨遭抄杀。族人大都西逃郓城，南逃单、曹、苏、豫、皖等地。敦率部边战边撤，沿兖、曲、泗、平邑、费县一线南下，到临沂后逐步四散隐居。建东、西樊村。其弟毓朗、毓质南下，陆续隐于东海赣榆、苏州、嘉兴（上海）、宁波、福建。余部随郑成功去了台湾。另有一部西南撤退，散居河南内黄等地。其中逃亡郓城者，迫于生计，趁清将石廷柱驻郓扩军之际从戎，后编入汉八旗，南下平三藩后，留驻南疆屯边。